请问如何查找一串字符中某个字符或字符串的出现次数

大家好，我是学生物的，对Perl了解的不多，现有问题想向大家请教一下。我有一条DNA序列，如下：
GGATCCCCCGGGCTGCAGGAATTCGAATTAGAAAATCAAAGTATATGTTAGTTATTTAAA
TTTTGAAGAAAAACGAATAGTTTTCATTATAAAAAAGTAAATGTTCGAAGTATCTTACTT
CATGATATGCAAATAATAATGAAATAGAGTCTAGACAGATGAAAGCAATACATAATTGTT
GAACCAAATCATAAAGAAGTAGGATAAAGATGCCCTATTACAGTTGATAATTATTAATCG
TTCAGTGAACACTAATCATGATGGATTATGAATTTAAAATGAAAACTCAAAAAGATAGAA
TTAAAGTTGAAGATTTATTTGAATTCGAGGGTTGTAAAGTCGGTCGAGGAACCTATGGCC
ATGTCTACAAGGCTCGAAGAAAAGAAGGAGTACCAGATAGTGAATTAAAAAGTAGACCAG
ATACAAAAGATTTTGCATTGAAACAAATTGAAGGTACTGGTCTTTCTATGTCTGCTTGTA
GAGAAATTACACTTCTTAGGGAACTTAAGCATATAAATGTTATTACTCTTATTCGAGTAT
TTTTATCACACAATGATCGGAAAGTTTGGTTACTTTTTGATTTTGCAGAGCATGATTTAT
GGCATATTATAAAATTCCATAGAGCTGCAAAAGCTAATAAAAAACAAATTATGGTACCAA
AGGGCATGGTAAAATCCTTACTATATCAAATA
1 我想统计这条序列的长度
2 我想计算下序列中单字符A,T,C,G出现的次数，双字符AA,AT,AG,AC等4乘4共16个2字符组合的次数，以至3字符组合和更多的组合的出现次数，请问怎么实现？
万分感谢！

去掉空格和换行计算长度用 length

碱基不是三个一组吗？如果跨两组的算不算

再比如  ACA 是不是要算一次 AC 再算一次 CA？

我不是看一组的，就是看连续2个字符出现的次数，比如ACA中，AC和CA都算出现了一次。
我的想法就是对于每个字母组合，都从序列的开头读一遍，只要碰到，number就要加一，有多少个组合就做多少次遍历，大概的思路我清楚，不过不明白具体的程序该怎么编。
对了，我举的是个最简单的例子，我的数据是批量的，含有多个序列。

while ($str =~ /(.(?=(.)))/g) { $counter{$1 . $2}++ }
这是计算两个的，一个和三个类似

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

my $s = "GGATCCCCCGGGCTGCAGGAATTCGAATTAGAAAATCAAAGTATATGTTAGTTATTTAAATTTT";
my @temp;
my $length = length($s);
my $times_A = (@temp) = ($s =~ /(A)/g);

print "$length\t$times_A";

如果数据量不是非常大，可以用正则。

非常感谢楼上各位，但至于怎么用正则，不是很明白，一开始我也想过用正则，但用的话假如我查AT，怎么保证查的次数只是AT的呢？而下面查AC，次数又只是AC的？我不敢用是担心用正则了只要符合A,T,C,G组合的都算上次数，了解的不是很深入，望各位赐教。
批量的数据是这个格式的：
文件111，内容如下：
>Contig1
GGATCCCCCGGGCTGCAGGAATTCGAATTCGAATCGATTCGAATTCAACTTAATAGGTTA
TGTTAGTAATATTAGATTAGTTTTTACTGTATGTTTGCAGTATATAACATATATGTTATA
AACTGCAAACATACAGTATAAACCAATCAAAATTTGTTTATTATAAAATAATAACATTAT
ATTGACATAGTGAATAGAAGAGGTAATGTACATAGGAAGTGTTAATTGAATTTTAAGGAA
AGGATGTCTCTATACGACGATTTTGATAAGCATCGTACAACTGATAAAGTAGCAGGATGG
TCGTCTGGAATAAAATTACTCCAGTCTCAACTTCAACTTAAAAAAGCTGCAATACCACAC
GGTAAAAGAGAACAAGGGAAAAAATCTGCAGCTGTACTGGCACCGGTTATCGATTTAAAG
TCCAAAGTTCGCGATAACGACAAAGAAGACGATGGGGTTATAAAATATTTTTCAACAAAC
GCAGCTAATCCAATTGGAGTTGGGATAGAATATGATTGGAATGTAGTTAATGAATATGAT
CCATCTTGGCCTAACGAGTATGATAAAGTAGTCAAAGAATTAAGAGACATTCGCGATCGT
GAACATGACCAAGAAAATGAGCAACGTAAGCGGAGACGAGAAACCACTCATTTTGAAGAA
AATCAGATGTCAAATATAGCCGCTAGTATAAATTCTATCGAAAGGGATGAAGAGCGCAGT
ACCTTTAGAAATAATCCTGGTGGTGCTACAATCGCTCCTCAACCATCCCTACAAGATGTA
CCTGAAATTGTTCCTCCGA
>Contig2
ATTGTATTTCTTCGCTTCTAAAGACGACAATAGTTTCGTGAGGCCAACGACTATGCCGTT
AATGAACAACAGTTTCTGCATAACCAGTCCTTGCGCCTCTACCAATAGTGGCCTCATCAG
TCGCAGTATGAACACCGATGGCTCGTCTCGACCCAGTTCAGTCTGCTCCATGCAATCTCG
GCCAATAAGAACCATTCCAACCTTGAAAAGGTCTACCCTCCAACACTGCAGCCCCACGAA
GATGCCACCGATGCGCGACCGTAGCAGCTCCTGTAGTGTAGCCCAGCGTCCGCAACCCGC
ACCCTCTAAAGCCTTACTTCGTACCGCATCTGGGCCAACTAGGCGAAATAGCACCAACGT
CATTAATTCCGGACTTGCGCAACGCGATTTTCACCGAGGCCTTATCCAAAACATAGAAAA
TCTGAAAATTTAGAATCTATTATTGTATTGAAAAAATTGCTATATTACATTATAAATATT
TTCAAACGAAAATAGCTTCGTGAGGCTAACAAAAAAAAAAAAAAAAAGCAACAGTTTCTG
CATAACCAGTTCTTGCGCCTCTCCCAATAGTGGCCTCATCAGTCGCAGTATGAACACCGA
TGGCTCGTCTCGACCCAGTTCAGTCTGCTCCATGCAATCTCGGCCAATAAGAACCATTCC
ACCCTTGAAAAGGTCTACCCTCCAACACTGC
>Contig3
GGATCCCCCGGGCTGCAGGAATTCGAATTAGAAAATCAAAGTATATGTTAGTTATTTAAA
TTTTGAAGAAAAACGAATAGTTTTCATTATAAAAAAGTAAATGTTCGAAGTATCTTACTT
CATGATATGCAAATAATAATGAAATAGAGTCTAGACAGATGAAAGCAATACATAATTGTT
GAACCAAATCATAAAGAAGTAGGATAAAGATGCCCTATTACAGTTGATAATTATTAATCG
TTCAGTGAACACTAATCATGATGGATTATGAATTTAAAATGAAAACTCAAAAAGATAGAA
TTAAAGTTGAAGATTTATTTGAATTCGAGGGTTGTAAAGTCGGTCGAGGAACCTATGGCC
ATGTCTACAAGGCTCGAAGAAAAGAAGGAGTACCAGATAGTGAATTAAAAAGTAGACCAG
ATACAAAAGATTTTGCATTGAAACAAATTGAAGGTACTGGTCTTTCTATGTCTGCTTGTA
GAGAAATTACACTTCTTAGGGAACTTAAGCATATAAATGTTATTACTCTTATTCGAGTAT
TTTTATCACACAATGATCGGAAAGTTTGGTTACTTTTTGATTTTGCAGAGCATGATTTAT
GGCATATTATAAAATTCCATAGAGCTGCAAAAGCTAATAAAAAACAAATTATGGTACCAA
AGGGCATGGTAAAATCCTTACTATATCAAATA
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