求教WEB服务器的规划

关于各种教程贴有不少，却没找着多少关于规划的贴子，诚求各位达人指教：

1。服务器的硬盘，目录等一般如何规划
2。Apache, mysql, php等配置的时候各教程贴里给出的配置参数常有差异，请问有什么不一样 希望得到各位configure时的经验配置
3。一个标准的WEB服器有哪些是必备安装工具（包括防火墙，日志工具等等）

最好大家分享自己为什么这样规划的理由和经验