文件处理程序编写

wuhanhgf2002

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1^# wuhanhgf2002 发表于 2008-12-22 17:52

文件处理程序编写

请教大家一个问题
我有这样一个文件：
......
ATOM    5  CB ALA    13
ATOM    15  N    ARG    15
ATOM    31  CG1  VAL    16
ATOM    32  CG2  VAL    16
ATOM    33  N    ALA    17
ATOM    34  CA ALA    17
ATOM    50  CG1  ILE    19
ATOM    51  CG2  ILE    19
ATOM    52  CD1  ILE    19
ATOM    53  N    GLY    20
ATOM    54  CA GLY    20
......
我想用perl编一个程序，当文件的第五列数字不连续的时候程序会用TER把这两行分开，从而把它变成这种形式：
......
ATOM    5  CB ALA 13
TER
ATOM    15  N    ARG 15
ATOM    31  CG1 VAL 16
ATOM    32  CG2 VAL 16
ATOM    33  N    ALA 17
ATOM    34  CA ALA 17
TER
ATOM    50  CG1 ILE 19
ATOM    51  CG2 ILE 19
ATOM    52  CD1 ILE 19
ATOM    53  N    GLY 20
ATOM    54  CA GLY 20
......

我现在不知道怎样读取文件中的某一列到一个数组中。请问这个怎么编写，谢谢大家，

MMMIX

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2^# MMMIX 发表于 2008-12-22 17:58

先学学 Perl 怎么用然后再用它，谢谢！

wuhanhgf2002

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3^# wuhanhgf2002 发表于 2008-12-22 18:45

请问怎样用perl读取文件中的某一列到一个数组中？

ynchnluiti

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4^# ynchnluiti 发表于 2008-12-22 19:53

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CODE:

my @data;
while (<DATA>) {
push @data, (split)[4]; #第五列
}

ynchnluiti

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5^# ynchnluiti 发表于 2008-12-22 19:54

放在数组中干什么用

wuhanhgf2002

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6^# wuhanhgf2002 发表于 2008-12-22 20:36

上下比大小，如果后者比前者>1，则在两行之间插入“TER”。不知道就这个程序的编写您有什么好的建议没有，请指教。

sleepflyer

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7^# sleepflyer 发表于 2008-12-22 21:10

my $d;
while (<INPUT>) {
if(/ATOM\s+\d+\s+\w+\s+(\d+)/) {if (($1 == $d) || ($1 == $d+1)) {print $_} else {print "TER \n $_"}; $d = $1}
}

ynchnluiti

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8^# ynchnluiti 发表于 2008-12-23 15:26

只看连续不连续，不需要用数组。一遍变量记住上一行中相应列的值就行了。就像7楼那样。