弱弱的问下

#!/usr/bin/perl -w--<.
#!/usr/bin/perl -w

open IN,"$ARGV[0]"||die"$!";
#open o,">$ARGV[1]"||die"$!";
$/ = ">";
# my $qwqw = <IN>;
my $flag = 0;
while (<IN>) {
chomp;

my $seq = '';
my @line = split(/\n+/,$_);
$head = shift @line;
foreach my $line (@line) {
$seq .= $line;
}
$flag = length ($seq);

#print "bp:$flag\n";
$h1=substr($seq,$flag-3,3);
$h2=substr($seq,0,3);
if (($flag%3)==0){
if($h1=~/TGA/ and $h2=~/ATG/){
print o ">$head\n";
print o "$seq\n";

}
}
}

$/ = "\n";
close IN;

#使用方法： X:>\perl TGA.pl infilename outfilename
#infilename 是输入的要找TGA的cDNA文件名字
#outfilename 是输出的结果

我在想是不是系统设置的问题，因为我重装系统之前用的好好的，装了系统就不行了！可是我又不知道怎么搞？

好了已经差不多解决了。.