[求助]如何写大文件中的高效定长字符串搜索？

galaxy

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1^# galaxy 发表于 2007-09-20 10:57

[求助]如何写大文件中的高效定长字符串搜索？

[求助]如何写大文件中的高效定长字符串搜索？
我需要在120M的fasta文件（平均每条序列长2.5k bp）找5万多个25bp探针的完全匹配情况。
就是把Affymetrix的25bp的探针在cDNA中定位。
请问如何写字符串搜索比较好？

我的想法是，每序列每25bp做crc8的hash，对hash做索引，查询时把探针算crc8，对匹配项逐个作普通字符串比较(eq)。

我是学生物的，刚开始接触perl，请问上述方法效率如何？能帮我写一下代码吗？

fgh1124

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2^# fgh1124 发表于 2008-06-17 22:22

做个BLASTN ,然后再将完全匹配的找出
做个BLASTN ,然后再将完全匹配的找出