请教:如何提取blast的比对结果

snaily

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1^# snaily 发表于 2007-07-03 22:17

请教:如何提取blast的比对结果

请教:如何提取blast的比对结果
要求前后各延长几十bp
还要过滤掉那些不显著的比对结果.
谢谢了...

alexru

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2^# alexru 发表于 2007-07-16 20:11

substr.
substr

lingting

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3^# lingting 发表于 2007-07-19 11:43

在比对的那个地方把sbjct取走

snaily

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4^# snaily 发表于 2007-07-26 10:17

楼上的怎么只说半截话啊,还是不明白啊

klaus

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5^# klaus 发表于 2007-08-04 18:45

读一下 perldoc Bio::Sea.
读一下 perldoc Bio::Search::HSP::HSPI 就可以了

提取先后几十个bp的话，把每个HSP的start和end都找出来，然后start = start + n , end = end - n，然后用这个位子信息从原序列里面substr

过滤不显著的结果用 $hsp->evalue() 来判断就可以了