求助使用perl对Blast 结果分析

wangxue039

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1^# wangxue039 发表于 2008-03-28 10:13

求助使用perl对Blast 结果分析

求助使用perl对Blast 结果分析
最近在用Blast分析时遇到了些问题，.out 输出文件有一万多个，人工分析不是明智的选择，我想用perl编个小程序来解决，但碍于没有精通perl。
我的问题：我想要得到与我的目的基因组中的基因的相似性在40%以上的，我的目的基因组有一万多个基因，与选取的其它几类模式基因组（如动物、植物、真菌、细菌）中的基因进行比对后，得到一万多个输出文件，我想用perl编程来进行下一步工作，还请请各位大虾多多指教

phil-

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2^# phil- 发表于 2008-03-28 19:54

try the Bio::SearchIO pa.
try the Bio::SearchIO package(s)

wisdom_love

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3^# wisdom_love 发表于 2008-03-30 14:44

简单代码
use Bio::SearchIO;
my $searchio = new Bio::SearchIO(-format => 'blast',

                 -file => "$input");
while (my $result = $searchio->next_result){

  while (my $hit = $result->next_hit){

     while (my $hsp = $hit->next_hsp){

       $evalue = $hsp->evalue();
       #相似性判断

     }

  }

}

如有问题，您Email：quwubin@gmail.com

wangxue039

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4^# wangxue039 发表于 2008-03-31 10:03

非常感谢
非常感谢
顺便问一下，我的电脑好像出问题了，运行cmd时不弹出DOS界面，而出现regedit.exe窗口，
.bat文件一执行就提示找不到文件