新手请教:在linux上安装bioperl

pujvzi

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1^# pujvzi 发表于 2008-03-16 05:59

新手请教:在linux上安装bioperl

新手请教:在linux上安装bioperl
Bioperl有没有简单的安装方法呢，就向安装普通软件一样

phil-

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2^# phil- 发表于 2008-03-21 14:02

CPAN上就有打好包可用于安.
CPAN上就有打好包可用于安装的bioperl
不知道你说的“就像安装普通软件一样”是怎么定义的呢？

私以为用CVS好像更简单，不会有什么test通不过之类的问题

pujvzi

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3^# pujvzi 发表于 2008-03-26 17:57

xiexie
kongmenhousheng@yahoo.com.cn
我已经安装了，但不是在网上安装的，没有IO::String这个模块，很别扭。我要脱离网络，减轻服务器的负担吗。建立本地数据库并分析数据。
我想分析可变剪接在不同组织和不同发育阶段的表达模式和他们对蛋白质表达的影响，例如读框移码或者保持等。我需要对这些数据进行GO注释。
我是个三年级本科生，在做小实验，希望大家多多帮助。谢谢。

pujvzi

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4^# pujvzi 发表于 2008-03-26 18:05

附加
我在ASD数据库得到了关于可变剪接的数据，不需要EST了。我正在编一个可以区分十来种剪接模式的Perl程序，还不想马上将蛋白序列加上去。我现在正寻求利用EnsEMBL的基因或表达物号，来获得每一个本体论的注释。不知道这样做行不行？希望前辈指点。

phil-

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5^# phil- 发表于 2008-03-27 08:13

可以，但你要注意EnsEMBL的注释是基于预测的，用VEGA可能好一点，EnsEMBL数据库里面有从SwissProt借过来的GO mapping，可以直接用

ASD的数据我看过一下，质量不错的，也许比用EnsEMBL/VEGA好