怎么匹配这样一个CCAATT？

wubingran

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1^# wubingran 发表于 2008-09-03 11:27

怎么匹配这样一个CCAATT？

怎么匹配这样一个CCAATT，并且容许：
其中至多发生一个碱基替代到其他碱基，例如：变成GCAATT，CGAATT，CCAAGT等等
怎么来匹配这样一个模式～～～～～～～～

谢谢～谢谢

forlorngenius

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2^# forlorngenius 发表于 2008-09-03 11:29

容许其中之多发生一个替代到其他碱基

没看懂

wubingran

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3^# wubingran 发表于 2008-09-03 11:48

重新更改～～～～了点～～
应该能看懂～～～～～～

ly5066113

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4^# ly5066113 发表于 2008-09-03 11:58

QUOTE:

原帖由 wubingran 于 2008-9-3 11:58 发表
重新更改～～～～了点～～
应该能看懂～～～～～～

没学过生物，不知道你说的“碱基”是啥。

是不是就是说G可以替换C和T，不能替换A。

forlorngenius

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5^# forlorngenius 发表于 2008-09-03 12:15

/^{(C|.)CAATT|C(C|.)AATT|CC(A|.)ATT|CCA(A|.)TT|CCAA(T|.)T|CCAAT(T|.)}$/;

猜得，看看可是你想要得

churchmice

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6^# churchmice 发表于 2008-09-03 12:19

可以这样做

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CODE:

my $base = "CCAATT";

然后自己写一个subroutine产生各种可能的情况（跟$base差一个碱基）
然后据此产生一个regex进行匹配

wubingran

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7^# wubingran 发表于 2008-09-03 12:37

QUOTE:

原帖由 forlorngenius 于 2008-9-3 12:19 发表
/^{(C|.)CAATT|C(C|.)AATT|CC(A|.)ATT|CCA(A|.)TT|CCAA(T|.)T|CCAAT(T|.)}$/;

猜得，看看可是你想要得

首先表示谢谢～～～～～～～你这个很有参考价值～～～～
但存在一个小小的bug～～～～就是在字符串搜索中，往往它只搜索到一个匹配的就不搜了～～～
也就是因为“|”这个“或”，在搜索的时候，他只要搜索到一个这样的motif就会返回，造成后面的也满足的motif没有搜索到～～～～～

这个bug怎么解决～～～？～～～

再次谢谢～～～～～～

forlorngenius

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8^# forlorngenius 发表于 2008-09-03 14:07

在搜索的时候，他只要搜索到一个这样的motif就会返回，造成后面的也满足的motif没有搜索到～～～～～

这句没理解。
你说要达到什么样的效果吧

wubingran

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9^# wubingran 发表于 2008-09-03 14:16

就是搜索到字符串中所有的～～motif～～～
例如：$a="ACAATTTTTTCCAATTAAAAA";
不仅要搜索到ACAATT
也要搜索到CCAATT

wubingran

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10^# wubingran 发表于 2008-09-03 14:18

$a="ACAATTTTTTCCAATTAAAAA";
if ($a=~/(C|.)CAATT/g) {
print "$&\n";
}

输出结果：
ACAATT

而我希望看到ACAATT CCAATT