请教如何提取匹配的前两行？？？

juzi1114

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1^# juzi1114 发表于 2008-07-07 09:42

请教如何提取匹配的前两行？？？

不好意思我又来了呵呵...
现在有这样的文件
>P31946|1433B_HUMAN 14-3-3 protein beta/alpha - Homo sapiens (Human)
MTMDKSELVQKAKLAEQAERYDDMAAAMKAVTEQGHELSNEERNLLSVAYKNVVGARRSS
WRVISSIEQKTERNEKKQQMGKEYREKIEAELQDICNDVLELLDKYLIPNATQPESKVFY
LKMKGDYFRYLSEVASGDNKQTTVSNSQQAYQEAFEISKKEMQPTHPIRLGLALNFSVFY
YEILNSPEKACSLAKTAFDEAIAELDTLNEESYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSENQGDEGD
AGEGEN
>P62258|1433E_HUMAN 14-3-3 protein epsilon - Homo sapiens (Human)
MDDREDLVYQAKLAEQAERYDEMVESMKKVAGMDVELTVEERNLLSVAYKNVIGARRASW
RIISSIEQKEENKGGEDKLKMIREYRQMVETELKLICCDILDVLDKHLIPAANTGESKVF
YYKMKGDYHRYLAEFATGNDRKEAAENSLVAYKAASDIAMTELPPTHPIRLGLALNFSVF
YYEILNSPDRACRLAKAAFDDAIAELDTLSEESYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSDMQGDGE
EQNKEALQDVEDENQ
>Q04917|1433F_HUMAN 14-3-3 protein eta - Homo sapiens (Human)
MGDREQLLQRARLAEQAERYDDMASAMKAVTELNEPLSNEDRNLLSVAYKNVVGARRSSW
RVISSIEQKTMADGNEKKLEKVKAYREKIEKELETVCNDVLSLLDKFLIKNCNDFQYESK
VFYLKMKGDYYRYLAEVASGEKKNSVVEASEAAYKEAFEISKEQMQPTHPIRLGLALNFS
VFYYEIQNAPEQACLLAKQAFDDAIAELDTLNEDSYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSDQQDE
EAGEGN
我现在想要提取以">"开头的序列的前两行，就是上面红色的字符，现在序列有很多条怎么提取啊？谢谢啦

converse

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2^# converse 发表于 2008-07-07 10:26

$flag=0;
while(<>)
{
if(/^>/ || $flag < 3)
  {
   print $_, "\n";
   $flag++
  }
else if ($flag == 3)
{
   $flag = 0;
}

}

net_robber

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3^# net_robber 发表于 2008-07-07 10:37

不支持用Perl解决这个题目

用shell似乎简单一点

grep '^>' urfile|sed -n 1,2p

juzi1114

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4^# juzi1114 发表于 2008-07-07 10:39

恩谢谢你的建议，我试了下不过还是不行诶出来的只有以“>”开头的那一行

juzi1114

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5^# juzi1114 发表于 2008-07-07 10:41

呵呵谢谢啦，不过现在我正在学习perl就是了
还有刚刚貌似按错了下“报告”，不好意思哦偶不是故意的啦

converse

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6^# converse 发表于 2008-07-07 10:47

已经编辑了你再看

hitsubunnu

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7^# hitsubunnu 发表于 2008-07-07 10:51

[Copy to clipboard] [ - ]

CODE:

open(FF,"123.dat");
my @data = <FF>;
close(FF);

my $inum = 0;
my @num;
for(@data){
if(/^>/){
push @num,$inum;
}
$inum++;
}

for(@num){
print "$data[$_]";
print "$data[$_+1]";
}

hitsubunnu

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8^# hitsubunnu 发表于 2008-07-07 10:55

QUOTE:

原帖由 converse 于 2008-7-7 10:26 发表
$flag=0;
while()
{
if(/^>/ || $flag < 3)
  {
   print $_, "\n";
   $flag++
  }
else if ($flag == 3)
{
   $flag = 0;
}

}

else if c语言版主的习惯性错误

open2open2

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9^# open2open2 发表于 2008-07-07 11:32

我刚写了个
验证成功
$flag=0;

while(<FILE>)
{
if(/^>/)
{
for($flag=0; $flag <= 2; $flag++)
{
print $_ , "/n";
$_ = <FILE>;
}
}
}

FILE要用open和你的打开的文件关联一下。

juzi1114

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10^# juzi1114 发表于 2008-07-07 11:34

呵呵谢谢啦现在已经出来了我的文件比较大用数组比较慢吧