无法连接数据库

camus1984

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1^# camus1984 发表于 2008-05-27 14:55

无法连接数据库

我用perl连接ensembl数据库，在ensembl的网站上，介绍了链接的用户名是匿名登录，网站上是这样描述的：

Almost every Ensembl script that you will write will contain a use statement like the following:

use Bio::EnsEMBL::Registry;

my $registry = 'Bio::EnsEMBL::Registry';

$registry->load_registry_from_db(
-host => 'ensembldb.ensembl.org',
-user => 'anonymous');

我写的程序是这样的：
use DBI;
my $dbh = DBI->connect("DBI:mysql:database=Bio::EnsEMBL::Registry;host=ensembldb.ensembl.org","anonymous","anonymous", {'RaiseError' => 1});

但是始终连接不上该数据库，报错的内容如下:
DBI connect('database=Bio::EnsEMBL::Registry;host=ensembldb.ensembl.org','anonymous',...) failed: Access denied for user 'anonymous'@'222.66.**.**' (using password: YES) at C:/Users/Administrator/workspace/ConDataSet/conDB.pl line 2

请大家帮忙看看，到底是哪里出错了？

dajun

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2^# dajun 发表于 2008-05-27 15:09

支持高科技, 虽然俺不懂BIO,

貌似不需要密码,
mysql -uanonymous -h ensembldb.ensembl.org
Welcome to the MySQL monitor. Commands end with ; or \g.
Your MySQL connection id is 216913
Server version: 4.1.20-standard-log

Type 'help;' or '\h' for help. Type '\c' to clear the buffer.

mysql>

所以DBI->connect里不要写密码

camus1984

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3^# camus1984 发表于 2008-05-27 15:14

感谢关注，我试了你的建议，没有用密码，
use DBI;
my $dbh = DBI->connect("DBI:mysql:database=Bio::EnsEMBL::Registry;host=ensembldb.ensembl.org","anonymous");

仍然报错，DBI connect('database=Bio::EnsEMBL::Registry;host=ensembldb.ensembl.org','anonymous',...) failed: Access denied for user 'anonymous'@'%' to database 'Bio' at C:/Users/Administrator/workspace/ConDataSet/conDB.pl line 2

apile

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4^# apile 发表于 2008-05-27 15:26

anonymous的密码有时候会等於Email...
你可以试试看随便给个Email..
你应该有连上..只是没办法登入..应该是帐号密码不对...

dajun

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5^# dajun 发表于 2008-05-27 15:58

楼主的数据名字用错了,

my $dbh = DBI->connect("DBI:mysql:database=master_schema_34;host=ensembldb.ensembl.org","anonymous");

这个是可以的,但是你可千万别照着用啊,我只是随便在里面找了个数据库名,连了一下 -_-

[Copy to clipboard] [ - ]

CODE:

#!/usr/bin/perl

use DBI;
my $dbh = DBI->connect("DBI:mysql:database=master_schema_34;host=ensembldb.ensembl.org","anonymous");

my $sth=$dbh->prepare("show tables");

$sth->execute;

my $r = $sth->fetchall_arrayref;

for (@$r) {
print $_->[0], "\n";
}

$sth->finish;

#perl bio.pl

affy_array
affy_feature
affy_probe
alt_allele
analysis
analysis_description
assembly
assembly_exception
attrib_type
coord_system
density_feature
density_type
dna
dna_align_feature
dnac
exon
exon_stable_id
exon_transcript
external_db
external_synonym
gene
gene_archive
gene_stable_id
go_xref
identity_xref
interpro
karyotype
map
mapping_session
marker
marker_feature
marker_map_location
marker_synonym
meta
meta_coord
misc_attrib
misc_feature
misc_feature_misc_set
misc_set
object_xref
peptide_archive
prediction_exon
prediction_transcript
protein_align_feature
protein_feature
qtl
qtl_feature
qtl_synonym
regulatory_factor
regulatory_factor_coding
regulatory_feature
regulatory_feature_object
repeat_consensus
repeat_feature
seq_region
seq_region_attrib
simple_feature
stable_id_event
supporting_feature
transcript
transcript_attrib
transcript_stable_id
transcript_supporting_feature
translation
translation_attrib
translation_stable_id
xref

camus1984

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6^# camus1984 发表于 2008-05-27 16:06

……，是这样啊～
那我这里的数据库的名字基本都是Bio::EnsEMBL::Registry这样的形式的，和你提供的还是有很大差别的，我该如何是好啊？

dajun

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7^# dajun 发表于 2008-05-27 16:13

建议你用他封装好的api

camus1984

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8^# camus1984 发表于 2008-05-27 16:26

非常感谢你的热心帮助，我才开始学perl，并且是在Windows下编译运行，像你说的用该网站封装好的api的话，我该怎么用呢？

phil-

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9^# phil- 发表于 2008-05-28 14:38

用封装好的API吧,Bio::EnsEMBL::Registry里面有几十个DBConnection，自己一个个来还是挺痛苦的

请参考：
http://wiki.perlchina.org/index. ... I%E7%AE%80%E4%BB%8B
和
http://wiki.perlchina.org/index. ... 4%B8%8A%E7%9A%84SNP