切分文件

yinzc

UID: 9758
帖子: 96
积分: 220
在线时间: 12 小时

1^# yinzc 发表于 2008-04-18 09:54

切分文件

有如下一段DNA序列：
>1
atgcgcaaaccccccccc
aaaaagggggcccaat
>2
ggtttaaaggggccccc
cccaaaatttttggggg
>3
tttggggaaaaccccca
gggggcccccccaaaa
tttccc
.................
>n
atccggccaattgggaa
ttttccccccgggggcccc

希望将这一个文件以'>'作为界标切分成n个文件，文件名就是'>'后面的字符串。
如何实现。

churchmice

UID: 31829
帖子: 2
积分: 4
在线时间: 10 分钟

2^# churchmice 发表于 2008-04-18 10:16

最近生物的帖子这么多?

cobrawgl

UID: 21059
帖子: 1
积分: 2
在线时间: 10 分钟

3^# cobrawgl 发表于 2008-04-18 10:21

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

my $file;

while (<DATA>) {
    chomp;
    if (/>(.*)/) {
        $file = $1;
        open FILE, ">$file"
          or die "can not open $file: $!\n";
        next;
    }
    print FILE $_;
}

__DATA__
>1
atgcgcaaaccccccccc
aaaaagggggcccaat
>2
ggtttaaaggggccccc
cccaaaatttttggggg
>3
tttggggaaaaccccca
gggggcccccccaaaa
tttccc
>n
atccggccaattgggaa
ttttccccccgggggcccc

Nosferatu

UID: 5185
帖子: 94
积分: 216
在线时间: 12 小时

4^# Nosferatu 发表于 2008-04-18 10:52

QUOTE:

原帖由 churchmice 于 2008-4-18 10:16 发表
最近生物的帖子这么多?

不多，好久没看到了

churchmice

UID: 31829
帖子: 2
积分: 4
在线时间: 10 分钟

5^# churchmice 发表于 2008-04-18 10:53

[Copy to clipboard] [ - ]

CODE:

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
my $text = shift || "data";
open my $file,"<",$text or die "Fail to open $text $!";
$/=undef;
my $data = <$file>;
my %hash = grep { ! /^\s*$/ } split />(.+)\n/,$data;
foreach ( keys %hash) {
  open my  $temp,">","$_" or die "Fail to create $_ $!";
  print $temp $hash{$_} ;
  }

其中数据默认存在data文件中

churchmice

UID: 31829
帖子: 2
积分: 4
在线时间: 10 分钟

6^# churchmice 发表于 2008-04-18 10:55

QUOTE:

原帖由 Nosferatu 于 2008-4-18 10:52 发表

不多，好久没看到了

生物ms也就是atcg的东西
lz的ms还是一个mj

Nosferatu

UID: 5185
帖子: 94
积分: 216
在线时间: 12 小时

7^# Nosferatu 发表于 2008-04-18 11:20

atcg是dna，生物的东西多着哪

p.s. lz这种问题应该是翻翻小骆驼半个小时解决的事情，你们是在害他阿