在index中substring如何使其能够两个两个的匹配哦！

我想做个两个的搜索，计算其匹配的个数，substring应该怎么设置！
谢谢

举个例?

open FH, "<1.txt" or die $!; # 限只含英文字符文件

my $string;
# 将文件内容全部读入
{
    local $/ = '';
    $string = <FH>;
}
$string=~ s/\>.*?sequence//;
my %count;
for ( split '', $string ) {
    s/\n/\\n/ || s/\t/\\t/ || s/ /space/; # 替换转义字符

    $count{$_} ++;
}
# 打印结果：
for ( keys %count ) {
    print $_, "\t", $count{$_}, "\n";
}
my $subs=----;
my $offset=0;
my $foundAt=0;
my $label=1;
my $i=0;
$positions;
while (($foundAt=index($string,$subs,$offset))>-1){
        $positions{$foundAt}=$label++;
        $offset=$foundAt+1;
        $i++;
        }
        print $i,"\n";

怎么这么多代码...
无非就是在$string中查找所有$subs的位置.

解释下"在index中substring如何使其能够两个两个的匹配哦！"吧