Linux下BLAST的使用

1、把BLAST的压缩文件解压，然后将bin目录下的文件拷贝至/usr/local/bin下；

2、制作软链接，将解压后的文件中bin目录链接至/home/username下，eg：ln -s /home/username/blast/bin；

3、在当前用户目录下，编辑bashrc文件，在文件中加入export PATH=/home/username/bin/=$PATH;

4、在当前目录下，将数据文件格式化，$formatdb -i filename.后缀 -p F -o T

5、将待进行blast的文件转化为test.txt文件，拷贝文件内容如下：

>test....
ACGTCAGTCGATCGAT.....

6、进行比对
$blastall -p blastn -d filename.后缀 -i test.txt -o test.out

若将输出格式显示为XML格式，则需
$blastall -p blastn  -m 7 -d filename.后缀 -i test.txt -o test.out